Fundada em 1865, pelo padre Custódio de Oliveira Montes Rasos, que seguia para a cidade de Cristina, quando ficou impressionado pelo panorama. Convenceu os proprietários daquelas terras, Diogo José Labat Uchôas e Francisco Ribeiro Pires, a doarem cinco alqueires de terra, para que erguesse uma capela, que seria dedicada a Nossa Senhora da Conceição. O fundador escolheu para o lugar o nome de Virgínea, em homenagem à Virgem Santíssima e em alusão à mata virgem que cobria o local. Da palavra Virgínea veio a corruptela Virgínia.
Por Lei Provincial de 27 de dezembro de 1861, a povoação foi elevada à categoria de freguesia de Cristina. A freguesia foi entregue aos cuidados paroquiais do padre José de Calazans Nogueira, que faleceu em 1869. Veio substituí-lo o monsenhor Manuel Carlos de Seixas Rabelo, que dirigiu a paróquia até 21 de novembro de 1921, quando faleceu. Assumiu a paróquia o então coadjutor Monsenhor Dalísio Batista Dini, que permaneceu até 5 de novembro de 1978.
O município criado com o referido Distrito de Virgínia, foi desmembrado do município de Pouso Alto pela Lei Estadual nº 556, de 30 de agosto de 1911.
Na agricultura destaca-se a produção de milho, feijão, batata inglesa e arroz e na pecuária, a produção de leite. Destaca-se, ainda, na fruticultura, com a produção de marmelo, ameixa, pêssego, pera e figo.
A partir do final do século XX, o município começou a investir no seu potencial turístico, com implantação de hotéis-fazenda e pousadas.