O nome do município foi dado em homenagem ao santo checo Ján Nepomucký, dos quais eram devotos os seus fundadores.O povoamento da região de São João Nepomuceno teve início a partir de algumas fazendas que surgiram no início do século XIX. A maioria dos proprietários destas fazendas vinham do município de Queluz (Conselheiro Lafaiete).
O Guarda-Mor José Furtado de Mendonça, proprietário da Fazenda “Roça Grande” comprou terrenos anexos, onde se desenvolveu a cidade, e os doou à Província de Minas para ali ser constituído um Curato e fundada uma povoação.
O Guarda-Mor Furtado, auxiliado por Domingos Henriques de Gusmão, Domingos Ferreira Marques e Antônio Dutra Nicácio, levantou então uma capela a que foi dado o nome de Capela do Rio Novo de Baixo, sob o orago de São João Nepomuceno.
Em 25 de agosto de 1832, quando essa freguesia é elevada a condição de vila, tornando-se São Manoel do Pomba, município autônomo, a ele está incorporado o antigo curato da “Capela de Baixo”, com o nome de São João Nepomuceno do Rio Novo, que teria sido assim, o seu primeiro topônimo, já que o outro não passava de denominador vulgar.
A lei prov. n. 202, de 7 de abril de 1841, Art.1o. §4o. elevou a povoação a Vila e o Curato a Freguesia, desmembrando o território do município do Pomba, anexando-o pelo art. 3o. desta mesma lei à Comarca de Paraibuna, a qual ficou composta pelo município de Barbacena e das Vilas de São João Nepomuceno, Pomba e Presídio (Visconde do Rio Branco).
Em 10 de setembro de 1851, depois de quase dez anos de vida autônoma, a lei prov. no. 514 transferiu a sede do município da Vila de São João Nepomuceno para o arraial do Cágado, o qual tinha sido elevado pela mesma lei à categoria de Vila com o nome de Mar de Espanha.
A lei 542, de 9 de outubro de 1851 suprimiu a freguesia, incorporando o seu território à do Rio Novo. Em 1859 graças à lei 1033 de 6 de julho, foi restabelecida a freguesia, ficando pertencendo ao Termo de Mar de Espanha, com as divisas primitivas.
A lei 1265 de 19 de dezembro de 1865, art 2o. parágrafo 5o. desmembrou da freguesia do Rio Novo o distrito da Santíssima Trindade do Descoberto e o anexou à de São João Nepomuceno.
A lei no. 1606, de 28 de julho de 1868, elevou à categoria de Vila o povoado de São João Nepomuceno e constituiu o município deste nome com as seguintes freguesias: São João Nepomuceno, Rio Novo e os distritos da Santíssima Trindade do Descoberto, desmembrado do Termo de Mar de Espanha, e o do Piau, desmembrado do Termo de Juiz de Fora.
Em 1870, a lei 1644, de 13 de setembro , transferiu a sede do município de São João Nepomuceno para a povoação do Rio Novo do mesmo município, sendo a povoação deste nome elevada à categoria de Vila.
Finalmente, em 1880, São João adquire em definitivo a sua autonomia através da lei 2677 de 30 de novembro que restaura o município de São João Nepomuceno e eleva-o novamente à vila. O parágrafo 1o. do art. 1o. dessa lei, declara que o novo município se comporá da freguesia de São João Nepomuceno, do distrito de Santa Bárbara (Carlos Alves), da freguesia da Santíssima Trindade do Descoberto – ambos desmembrados do Rio Novo – e da paróquia de Dores de Monte Alegre (Taruaçu), desmembrada do município de Mar de Espanha.
Em 1881, a lei no. 2848, de 25 de outubro, elevou a vila de São João Nepomuceno à categoria de cidade, o que lhe dava maior “status”, uma vez que na época as vilas, da mesma forma que as cidades, podiam servir de sede aos municípios.
Em 1891, a lei estadual no. 11 de 13 de novembro, cria a Comarca de São João Nepomuceno, sendo para ela designado, como 1o. Juiz Antônio Raymundo Tavares Belfort.
