O município teve origem no primitivo povoado fundado por sertanistas, que por volta de 1830, chegaram à região atraídos pela qualidade das pastagens, adequadas à criação de gado. Em terras doadas pelas irmãs Bárbara e Esídia Rodrigues foi erguida a primeira capela, consagrada a Nossa Senhora da Abadia. Em torno da capela que cresceu o povoado batizado de Buritis, mais tarde denominado Dourados. Em 1938 Pirajuba, integrado então ao município de Conceição das Alagoas. A emancipação data de 1953. Como atrações turísticas, Pirajuba oferece o horto do Douradinho, área arborizada às margens do rio Dourados, apropriada para camping, pescaria e natação.