Capelinha das Mercês era como se designava o local, a princípio. Era uma pequena capela coberta com folhas de palmito. Aí se formou a povoação designada, às vezes, por Mercês do Pomba, com gente oriunda principalmente de Barbacena. O padre Jacó Henrique Pereira Brandão foi o primeiro capelão e quem instituiu o patrimônio, conforme escritura de 10 de outubro de 1791. Em 1811 foi a capela ampliada e melhorada, por iniciativa do alferes José Gonçalves Jorge, José da Costa Batista, Narciso José Cristo e outros moradores. Um novo cemitério foi construído, então, mais próximo à nova igreja. Como a estrada que ligava Vila Rica ao Rio passava pelo povoado de Mercês do Pomba, novas construções foram surgindo ao longo da estrada, o que explica a extensão e mau alinhamento da rua principal. Em 7 de abril 1841 foi criada a freguesia como Nossa Senhora das Mercês. Em 1882 foi construída a Matriz, por iniciativa do vigário, padre Luís Carlos da Rocha. Em 30 de agosto de 1911 foi criado o município de Mercês do Pomba, desmembrado do de Rio Pomba. Em 7 de setembro de 1923 o município passou a ser denominado de Mercês.