A origem da cidade remonta ao século XVIII, quando haviam várias disputas territoriais entre as capitanias de Minas Gerais e São Paulo. Alferes Joaquim de Freitas e seu exército avançaram no território de Minas e, em janeiro de 1789, postaram uma guarda entre São Mateus e Mogi-Guaçu. O local recebeu o nome de Guarda de Caldas, e ao seu redor se formou o arraial que deu origem à cidade de Caldas. O povoado de Santa Quitéria – primeiro nome do município de Ipuiúna, e que dá o nome a uma padroeira da cidade – elevou-se a distrito em 1911, com a denominação atual. Ipuiúna, que na linguagem tupi significa “olho de água escura”, foi emancipada em 1953. Os padroeiros da cidade são: S. João Batista e Sta. Quitéria. A festa dos padroeiros se dá no mês de junho. De 1° a 13 de Maio acontece outra festa local, a de São Benedito.