A cidade de Palmeira dos Índios é sede episcopal da Igreja Católica Apostólica Romana. Seu Bispo é Dom Dulcênio Fontes de Matos, que tomou posse no dia 9 de setembro de 2006.
Possui como principais movimentos: o Movimento de Cursilhos de Cristandade (MCC), a Renovação Carismática Católica (RCC), o Treinamento de Liderança Cristã (TLC), o Apostolado da Oração, a Legião de Maria, os Vicentinos, etc.
Há também um crescimento significativo de igrejas evangélicas, como em todo Brasil. Entre elas, destacam-se as Igrejas Assembléia de Deus, Presbiteriana e Batista.
A Igreja de Jesus Cristo dos Santos dos Ultimos Dias também tem visto crescimento nos últimos dez anos.