Em épocas remotas existia apenas a pequena lagoa na área onde foi edificada a cidade. Em 1842, dois casais - cujos nomes não constam nos anais - chegaram à região, construíram casas e implementaram a agricultura e a pecuária. Parte daí a colonização do território. Algum tempo depois outras famílias também começaram a se instalar na localidade. Os pioneiros desse processo colonizatório foram José Barbosa, Francisco José Santana e a família Maurício. Com a criação do município de Arapiraca, Lagoa da Canoa passou a integrá-lo na condição de povoado, mas com grande importância no contexto econômico, social e político. As fazendas de café trouxeram emprego e renda. Além disso, servia como ponto de apoio na estrada que ligava Arapiraca a Traipu e Girau do Ponciano.
A sua evolução crescente culminou na elevação à categoria de município autônomo, em 28 de agosto de 1962, através da Lei nº 2.472. Desmembrado de Arapiraca, o novo município foi instalado oficialmente em 25 de janeiro de 1963. Na luta pela independência política destacaram-se os nomes do então deputado estadual José Pereira Lúcio (autor do projeto), José Bezerra Leite, José Ramos Barbosa, José Antônio de Melo, José Climério de Melo, Antônio Francisco dos Santos, José Emiliano Correia, Manoel Angelino dos Santos, Eliseu Ferreira Tirmo, Manoel Pereira da Costa e Mauro Vieira de Souza. Logo após a emancipação, José Barbosa Ramos foi nomeado interinamente prefeito, para o período de 1962 a 1963. O primeiro prefeito eleito do município foi Antônio Francisco dos Santos, que governou de 1963 a 1969.
A respeito da história religiosa, a paróquia de São Maximiliano Maria Kolbe foi instituída canonicamente por Dom Constantino Leürs, então bispo de Penedo, em 2 de dezembro de 1993. Integra o Vicariato de Traipu e tem como administrador paroquial o Padre Antônio Neves da Silva. Eclesiasticamente pertence à jurisdição da Sé penedense, cujo ordinário diocesano é Dom Valério Breda (SDB).
A comunidade católica de Lagoa da Canoa celebra com muito entusiasmo as festas de Santo Antônio (13 de junho), São João (24 de junho), São Pedro (29 de junho), Nossa Senhora da Conceição (8 de dezembro), além do padroeiro (14 de agosto).
